He resuelto el caso número 1. Recapitulemos.
En ocasiones, el archivo que contiene aquello que queremos modificar, no tiene funciones. Por ejemplo, el módulo Quiz tiene un archivo llamado
sites\all\modules\quiz\question_types\multichoice\ theme\multichoice-alternative.tpl.php, que imprime las posibles respuestas a una pregunta del test.
En este caso:
1. Copiamos el archivo, tal cual, y lo pegamos en la carpeta
templates de nuestro tema activo. En nuestro ejemplo, quedaría aquí:
sites\all\themes\mi-tema\multichoice-alternative.tpl.php.
2. Hacemos los cambios que nos parezcan convenientes y es todo.
El segundo caso parece más complejo. Sigo buscando.