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Iniciado por santayita 
una seria recibir el pago total
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Iniciado por santayita y te transfiere a ti la diferencia
En ambos casos deberás de emitir su correspondiente factura, una por el importe total a tu cliente y en la otra solo por la parte correspondiente a tu proveedor. Pero deberás de facturarlo, no puedes recibir ningún dinero si no realizas la factura correspondiente con los correspondientes impuestos (llamese IVA, llamese retención de IRPF o llamese como se llame).
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Iniciado por santayita Mucha gente comenta que tiene proveedores chinos, etc esto es puramente legal? Los chinos emiten factura? Factura valida en España? Se la envían ellos a tu cliente o se la envías tu? O esta gente que trabaja con Chinos no emite factura?
Tu puedes tener proveedores de donde quieras, solo que esos proveedores chinos tu lo apuntarás como GASTOS, no como facturas. Tu en contabilidad puedes tener facturas recibidas (que son las facturas que tienen su IVA, estan a tu nombre y se te emiten desde España) y los gastos (las facturas simplificadas o todo gasto del que no tengas factura, como es el caso).
Lo que tu tendrás que hacer es importar ese material desde China a España con sus correspondientes pagos en la aduana, si procede.
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Iniciado por santayita En el caso de la segunda modalidad de dropshipping indicada, bastaría con que el chino me pagase por transferencia la diferencia de comisión, o tendría que "facturarse" justificarse, de algún modo?
Como te dije antes siempre debes de emitir una factura, el método de pago lo decides como quieras, pero tiene que haber una factura por medio para que tu puedas recibir el dinero. Normalmente se la emites tu a ellos.
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Iniciado por santayita Por ultimo, entiendo que al ser una tienda online, sería obligatorio estar dado de alta en autónomos (soy de España), existe alguna modalidad reducida para esta cuota?
Sea tienda online o no sea tiene online siempre tienes que estar dado de alta como autónomo. Reducciones para nuevos autónomos y jóvenes hay, pregunta en la seguridad social. Eso si, las reducciones no son de por vida, solo durante los primeros meses de autónomo.
Luego hay "subvenciones" (como la que tiene laCaixa) que te pagan una parte de la cuota durante un periodo de tiempo.