Hola,
Lo suyo es crear una tabla para todas las tablas independientemente de si las categorías son hijas o padres, algo así:
Id_tabla, nombre, Id_padre
De tal manera que el campo Id_padre sea o NULL (Para las categorías super padre) o con un valor de Id_tabla (Para generar el parentesco entre ellas), logicamente con una relación recursiva entre ellas para evitar inconsistencias.
Esto se hace así porque los motores de las bases de datos se optimizan en base a los índices y siempre teniendo en cuenta que cada fila de tu tabla, cada "especimen", es un elemento que ha de ser tratado del mismo modo. Si tuvieras varias tablas, el peso total de la bbdd sería algo mayor, y no encontrarías mejoría alguna del rendimiento.
En cualquier caso, quizá te sea de ayuda consultar las
reglas de Codd para ahondar un poco en esto de la organización de las tablas en las bbdd relacionales
Espero que sea de ayuda!
Un saludo