Antes de comenzar el proyecto me asegure de instalar la misma versión de php 5.5.19 (xampp).
Anteriormente si creaba el zip con archivos que agregaba (.pdf y .xml). He estado haciendo actualizaciones debido a que la siguiente semana comienza su etapa de pruebas en el corporativo.
Le actualice para que agregar archivos .jpg (en caso de haber) y en funcionó en mi servidor local así que actualicé la versión y lo mande al servidor de producción y fue ahí cuando ya los empezó a descargar con error al abrir el archivo.
Aunque cabe decir que con solo darle reparar al ZIP ya lo abre como correctamente y con todos los archivos correspondientes. Presiento que el servidor al generar el ZIP lo hace corrupto pero no se porque.