Respuesta: Como estructurar mi Proyecto Web yo los organizo asi:
-nombreproyecto
--frontend
---js
---css
---img
---fonts
---index.html
--nombrenamespace
---nombrenamespace_nombreclase1.php
--nombreclase1.php
--nombreclase2.php
--nombreclase3.php
Uso un ruteador y eventualmente include/require del archivo en cuestion que necesite y listo.
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