Hola.
No uso java, pero en general se recomienda en lenguajes OOP como java u otros, crear un modelo de datos mas "duro" que te permita expresar tu problema como una serie de clases con propiedades, en lugar de arrays y valores de tipo string o numericos sueltos.
En este caso yo crearía una clase Naranja que contenga los "parámetros" o propiedades de las naranjas (Diametro, Color, Maduración, etc) y luego metería instancias de esa clase en un Dictionary<T, int> (creo que en java se llama Map) ya que solo te interesa un unico valor numerico por cada combinación de propiedades.
Si te interesa, escribí un ejemplo de cómo lo resolvería, aunque no está en java te puede dar algunas ideas:
http://ideone.com/7nZxRf