Como se generan esos archivos para descargar? Si es con PHP deberías revisar los límites en el php.ini:
Cita: max_execution_time = 30 ; Maximum execution time of each script, in seconds
max_input_time = 60 ; Maximum amount of time each script may spend parsing request data
memory_limit = 128M ; Maximum amount of memory a script may consume (128MB)
Aunque realmente me da la sensación de que tiene algo más que ver con la red o con que la conexión con Apache se reinicia que un problema de configuración.