Sería bueno saber cual es tu hosting, si es gratuito o si es de pago, por que hay varias formas de subir archivos hay programas específicos y también lo puedes hacer de forma manual, es decir subir de uno por uno tus archivos, en esta dirección puedes ver varios programas de tipo ftp:
http://www.softdownload.com.ar/guiaftp.htm