Hola
Bueno estoy viendo un curso de sistemas operativos donde se ven las cosas que hace internamente Linux y Windows.
En primer lugar como ya han dicho en el foro de linux una vez, estas comparando sistemas operativos con tecnologias muy distintas, Mandrake 9.0 es mucho mas nuevo que win98 y por lo tanto usa mas recursos. Es como preguntarse por que Quake 3 corre mas lento que Quake 2 o 1 en el mismo computador.
En windows abres el explorador y el sistema te revisa el disco duro para leer los archivos y carpetas que tengas y hace esa operacion cada vez que lo hagas.
En linux hace parecido pero guarda en memoria la lista de archivos que tengas, por eso se demora mas que windows (la primera vez), pero al hacer esa operacion de nuevo lo hace mas rapido (la verdad no se bien esto todavia, solo estoy empezando el curso

), al igual que Netscape es lento la primera vez que se abre en linux.
Parece que no estuviera encendido el DMA para el disco duro por lo que dices que copia y mueve lento.
Por ultimo 64 mb es un poco bajo, no le aprovecharas la velocidad si no le compras mas ram, por que los procesos, desde el sistema operativo hasta un editor de texto corren el la ram, si se llena se empieza a usar el swap pero como no se pueden correr los programas en el swap el sistema operativo le toca hacer intercambios de los procesos que se usan con los que estan en el swap (algo bastante pesado) y por eso se pone lento.
Saludos