Pues así como lo hiciste jamás te va a funcionar, es decir, el flujo de un script es de arriba hacia abajo.
El error es aplicas la función str_replace() después de que ya agregaste el archivo, entonces así ya no funciona.
Cambiar el orden de las acciones: primero aplica el cambio, luego agregas.
Código PHP:
Ver original// quitar underline
$ele[] = $nombreArch;