amig@ para empezar todos tus Media Queries estaban mal(hasta donde yo se) y tambien el "Viewport" ;)
ahi te dejare el nuevo codigo que te hice que funciona en moviles y pc ;)
<meta name="viewport" content="width=device-width, user-scalable=no">
Código HTML:
Ver original<header id="header-principal" >
<a href="index.html" ><img id="img1" src="http://lorempixel.com/200/100/" ></img> </a> <a href="index.html" ><img id="img2" src="http://lorempixel.com/200/100"></img> </a>
Código CSS:
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#header-principal {
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@media all and (min-width:800px) {
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Demo:
http://codepen.io/AngelKrak/pen/MawrKZ