Hasta donde yo sé, puedes hacerlo con los temas, pero no con los módulos.
Eso sí, en la carpeta sites/all/modules ahí puedes crearte y meter tus módulos "modificados" (
) o tu módulo con tus funciones, hooks, infinidad de funciones de la api, etc.
Ahh, como dices también en el archivo template.php puedes hacerlo, tú decides si es algo que corresponde al tema en cuestión o a todos en general.
Luego, por supuesto, hay infinidad de archivos. html.tpl, page.tpl, node.tpl, views.tpl (en todas sus variantes), field.tpl… donde puedes modificar y hacer lo que te venga en gana.
Bueno, ya nos contarás cómo se te da.
Un saludo