Problema con xml

[wagego]

Aclaro, hice la lectura del file y guardarlo en otro file para ver como quedaba

File inputFile = new File("C:/Users/IBM_ADMIN/Desktop/XML JAVA/xml distintos paises/Uruguay/12103543000162012.xml");
File tempFile = new File("C:/Users/IBM_ADMIN/Desktop/XML JAVA/xml distintos paises/Uruguay/BKUP12103543000162012.xml");

BufferedReader reader = new BufferedReader(new FileReader(inputFile));
BufferedWriter writer = new BufferedWriter(new FileWriter(tempFile));

String lineToRemove = "<?xml version=\"1.0\" encoding=\"utf-8\"?>";
String currentLine;


while((currentLine = reader.readLine()) != null) {
// trim newline when comparing with lineToRemove
String trimmedLine = currentLine.trim();
if(trimmedLine.equals(lineToRemove)) continue;
System.out.println(trimmedLine);
writer.write(currentLine + System.getProperty("line.separator"));
}
writer.close();
reader.close();

Pero el reader.readLine() no me encuentra el string que debo borrar, el system.out.println me arroja lo siguiente

<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?>
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?><EnvioCFE_entreEmpresas xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" ve.......

y no borra el " <?xml version="1.0" encoding="utf-8"?> "

Nisiquiera haciendo una simple prueba como la siguiente

String completo = new String();
String limpio = new String();
String txtaborrar = new String();

txtaborrar = "<?xml version=\"1.0\" encoding=\"utf-8\"?>";

completo = "<?xml version=\"1.0\" encoding=\"ISO-8859-1\"?><?xml version=\"1.0\" encoding=\"utf-8\"?><En";

limpio = completo.replaceAll(txtaborrar, "");

System.out.println(limpio);

el cual me da como resultado <?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?><?xml version="1.0" encoding="utf-8"?><En

Me parece que hay un tema con los caracteres que tiene el string (las comillas, los ?, y los <>)