Consulta UNION ALL duplica registros

[gnzsoloyo]

lo que hace es listar primero todos los funcionarios ya que todos tienen departamento(cod_dep) y seguido me lista todos los funcionarios que tiene dependencia(cod_depen) duplicando los registros y me arroja 26 en total.

La duplicación de registros iguales en un UNION ALL es el resultado normal y esperado de esa forma de UNION.
Si quieres que los registros no se repitan, debes usar UNION, no UNION ALL.

Lo que pasa es que tengo 15 usuarios en la tabla funcionario y 4 de ellos tienen el campo cod_depen en 0 ya que no pertenecen a ninguna dependencia. Estoy tratando de hacer una consulta donde me traiga todos los funcionarios tengan o no dependencia,

Pues para obtener esa lista, tal y como la describes, simplemente sería omitiendo la condicion sobre el COD_DEPEN, al menos si lo haces en una sola tabla.
Para hacerlo con un JOIN debes usar LEF>T JOIN.

Código MySQL:

SELECT F.cod_fun, F.nombres, F.apellidos, F.numdoc, F.cod_dep, D.cod_dep, D.dtalle_dep
FROM  funcionario F LEF JOIN departamentos F ON F.cod_dep = D.cod_dep 
WHERE 1 OR D.cod_dep  IS NULL