Código MySQL:
Ver original -> REPLACE('NN,AAAU,29,000000,0000145283,5511,1,0138,000113',',',' ') raw_record
; +---------------------+-------------------------------------------------+
| fecha | raw_record |
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| 2015/08/28 13:59:29 | NN AAAU 29 000000 0000145283 5511 1 0138 000113 |
+---------------------+-------------------------------------------------+
Pues obviamente es un problema en la generación del archivo plano en Linux, y no propio de MySQL...