Dibujando con JPanel

[Tipdar]

Estimado GumiCat:
Dentro de cualquier componente Swing el 0,0 está en la esquina superior izquierda, eso incluye las coordenadas del mouse. Te aparece desfazado porque los círculos no se generan teniendo el centro en x,y y el radio r, sino que x,y sería la coordenada superior izquierda y luego vendría el radio a partir de esas coordenadas.
Para que te quedara el centro de la circunferencia en x,y con radio r tendrías que decirle que te genere el círculo en x-r/2,y-r/2 con radio r. Entonces ya no estaría desfazado.