Eso es por que es asíncrono, deberías hacer algo así:
Código Javascript
:
Ver originalModel.prototype.comprobar = function (cb) {
Database.instance.query('SELECT * FROM usuarios', cb);
};
model = new Model();
model.comprobar(function(err, rows) {
console.log(rows);
});
De igual manera tu código tiene algunos errores conceptuales. Yo lo que te recomendaría es que usases un ORM, por ejemplo
http://bookshelfjs.org/ o
http://docs.sequelizejs.com/en/latest/
Saludos