Cita: Personalmente opino que es preferible utilizar un controlador para cada parte, simplemente para poder separar más el código por cada sección y que esté todo mas ordenado. ¿Estoy en lo correcto? O por otra parte se debería juntar todo el código controlador de cada bundle en un único controlador?.
Es todo lo contrario, si lo haces como piensas vas a tener un serio problema a la hora de dar mantenimiento.
En un controlador deben de ir todas las operaciones asociadas a cada entidad en tu modelo, Para tu caso si Tuvieras la entidad User y Role requieres de dos controladores, cada uno con las operaciones necesarias para hacer el crud.