Cita:
Iniciado por EstebanC 
Debes crearlas dentro del public_html
Te recomiendo leer la documentación de cPanel antes de seguir con la administración del servidor, principalmente porque si haces esta pregunta quizás hayas dejado sin configurar algunas cuestiones relacionadas a optimización y seguridad.
Saludos!
Pues @lauser dijo que hay que crerlas en /home/usuario
Cita: Para tu propio orden y organización te recomiendo la primera opción.
Código :
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home/manolo/web1
home/manolo/web2
home/manolo/webN