Cita: y la propuesta por ti tarda más.
1) ¿Cuál de las tres?
2) Prueba con 1.000.000 de registros y hablamos de performance.
Con unos miles no alcanza para que veas la diferencia, y sin conocer los datos reales, sólo puedo hacer suposiciones, entre las que se destacaría que pueden ser tablas MyISAM, con lo que no existirían los indices FK...
También peude deberse al exceso de cardinalidad (baja selectividad de las relaciones), y el ORDER BY, que es por definición antiperformántico.
Hay mucha tela para cortar.