Lo logré finalmente.
Lo que hice fue crear el pdf y guardarlo en el servidor. Posteriormente lanzarlo mediante javascript con un temporizador par darle tiempo al guardado del archivo en el servidor.
Código:
<?php
$html2pdf->Output('../files/auth/'.$_SESSION['auth_namepdf'],'F')]; ?>
<script type="text/javascript">
function traerPDF() {
window.location ='../files/auth/<?php print $_SESSION['auth_namepdf']; ?>';
}
setTimeout("traerPDF()", 1000);
</script>
Espero que le sirva a alguien también.
