Eso te demuestra que el path comienza a contar desde la ruta de la maquina virtual sobre la que se ejecuta el programa y no desde la carpeta del proyecto, como decias.
Supongo que no lo crea porque no tiene permisos de escribir en Program Files. El metodo mkdir devuelve false si no puede crear el directorio. Estas capturando y comprobando ese valor?
Si quieres tomar la ruta de tu proyecto deberias obtenerla mediante el cargador de clases.
Un saludo