Así es, es posible.
Voy a dar por hecho que tienes acceso al servidor y sabes donde encontrar algo como esto:
Código Apache:
Ver original<VirtualHost *:80>
ServerAdmin webmaster@localhost
ServerName example.com
DocumentRoot /var/www
</VirtualHost>
Bastara algo como esto, obviamente definiendo dominio y rutas de los certidicados.
Código Apache:
Ver original<VirtualHost *:443>
ServerAdmin webmaster@localhost
ServerName example.com
DocumentRoot /var/www
SSLEngine on
SSLCertificateFile /etc/apache2/ssl/example.com/apache.crt
SSLCertificateKeyFile /etc/apache2/ssl/example.com/apache.key
</VirtualHost>
Técnicamente seria configurar cada host virtual con su propio dominio y certificado. Igual para información mas detallada basta con buscar en google "apache sni" para obtener mas detalles.