Así es, es posible.
 
Voy a dar por hecho que tienes acceso al servidor y sabes donde encontrar algo como esto:   
Código Apache:
Ver original- <VirtualHost *:80> 
-         ServerAdmin webmaster@localhost 
-         ServerName example.com 
-         DocumentRoot /var/www 
- </VirtualHost> 
Bastara algo como esto, obviamente definiendo dominio y rutas de los certidicados.    
Código Apache:
Ver original- <VirtualHost *:443> 
-         ServerAdmin webmaster@localhost 
-         ServerName example.com 
-         DocumentRoot /var/www 
-   
-         SSLEngine on 
-         SSLCertificateFile /etc/apache2/ssl/example.com/apache.crt 
-         SSLCertificateKeyFile /etc/apache2/ssl/example.com/apache.key 
- </VirtualHost> 
Técnicamente seria configurar cada host virtual con su propio dominio y certificado. Igual para información mas detallada basta con buscar en google "apache sni" para obtener mas detalles.