Ordenar números decimales en formato cadena

[gnzsoloyo]

Bueno, en realidad guardar un número decimal como VARCHAR, y encima poniéndole los separadores numéricos, ya es un error de diseño de datos, pero la he visto antes.
Pero de todos modos es posible realizar lo que pides, y en realidad hay más de una forma.
Te paso la más simple:

Código MySQL:

SELECT puntaje
FROM postulante_puntaje
ORDER BY CAST(puntaje AS DECIMAL(14,3)) DESC.
 

Te recomiendo que modifiques el tipo de dato y lo pongas como DECIMAL(14,3) por lo menos, o bien lo manejes como FLOAT (no es el mejor para tu caso, pero funcionará).