Es que 1GB de RAM es muy muy poco para un VPS multidominio y encima con panel de control incluido.
De hecho, en la web del panel que indicas que has instalado pone lo siguiente:
Cita: Recommended is to have 4 GB+ RAM so you would have the full functionality, like Anti-virus scan of emails.
Que el requisito mínimo para instalar el panel sea de 1GB no significa que con 1GB te funcione correctamente.