Prueba de esta forma.... de todas formas supongo que solo has puesto parte del .htaccess, no?
Código Apache:
Ver originalRewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule ^index\.php$ - [L]
# add a trailing slash to /wp-admin
RewriteRule ^([_0-9a-zA-Z-]+/)?wp-admin$ $1wp-admin/ [R=301,L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -f [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -d
RewriteRule ^ - [L]
RewriteRule ^([_0-9a-zA-Z-]+/)?(wp-(content|admin|includes).*) $2 [L]
RewriteRule ^([_0-9a-zA-Z-]+/)?(.*\.php)$ $2 [L]
RewriteRule . index.php [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -f
#Coloca los formatos a proteger
RewriteCond %{REQUEST_URI} \.mp3|\.mp4|\.ogg [NC]
#Coloca las carpetas a proteger
RewriteCond %{REQUEST_URI} \/carpetaprotegida1\/ [OR]
RewriteCond %{REQUEST_URI} \/carpetaprotegida2\/ [OR]
RewriteCond %{REQUEST_URI} \/cache\/
#Por defecto redirecciona a error404, lo puedes modificar
RewriteRule ^(.*)$ index.php [R=404]
En la raíz del servidor, no. Lo tienes que colocar en la raíz de tu instalación.