Cita: Esto porque no entiendo porque el href no me muestra el archivo pero usando las rutas con ../../
Porque la ruta debe ser a nivel web, no a nivel sistema operativo.
Cita: pero no he visto una función que funcione como el "cd" de linea de comando, es decir, si yo quiero ir a una ruta especifica como lo haría, sin necesidad de usar un opendir
En PHP puedes usar chdir() que es el equivalente a "cd" pero eso nada tiene que ver con el problema, con PHP no necesitas "ir a una ruta especifica" sencillamente debes usar la ruta correcta para leer archivos, etc.