Buenas,
Cita: Eso me reduce las opciones a dos lenguajes: Python y Perl
Y por qué no Java? Te has olvidado del lenguaje mas popular de todos:
http://www.tiobe.com/index.php/conte...pci/index.html
-Hacer aplicaciones de escritorio es muy sencillo tanto en Swing como en JavaFX. Si utilizas un IDE como netbeans sera tan simple como "pintar" las ventanas y componentes e implementar unicamente los eventos/acciones.
https://netbeans.org/features/java-on-client/swing.html
-El mundo web en Java es enorme y puedes desarrollar bien en servlet/JSP al modo PHP o bien utilizar frameworks mas complejos como JSF o Spring MVC
-Normalmente java (OpenJDK) esta disponible "de serie" en las principales distribuciones Linux.
-Es compilado en bytecode y posteriormente interpretado por la JVM (o complilado al vuelo cuando es necesario de forma transparente gracias al compilador JIT).
-Es infinitamente mas rapido en ejecucion que los lenguajes que propones:
http://benchmarksgame.alioth.debian.org/u32q/python.php
La ventaja que veo a Python/Perl es que son mas asequibles y faciles de aprender y trastear, y que en muchos casos el codigo producido es mas corto (Java es bastante verbose)
Un saludo