El bloque de código que realiza el fadeout debe ir dentro de la misma función handleClick() para que se ejecute al dar clic sobre los números, después de mostrarse el alert.
Código Javascript
:
Ver originalfunction handleClick(){
if($(this).parent().hasClass("slider_controls")){
slide_target = $(this).index();
alert(slide_target);
}
$(".slidecontainer").fadeOut("slow",function(){
$(this).animate({
"margin-left":-(slide_target * $(".slider-container").width())+"px"
},"slow",function(){
$(this).fadeIn();
});
});
}