Correcto, las dependencias deben ir en el folder de includes, cabe mencionar que uso composer para las dependencias externas.
En este caso caso como toda la generación de las opciones se hace a través de la clase puedes evitar el uso de los partials del admin.
De hecho estoy trabajando en un plugin en donde hago uso de ambos recursos
https://github.com/Tmeister/wp-api-jwt-auth
Aqui agrégo las dependencias
https://github.com/Tmeister/wp-api-j...t-auth.php#L97
Defino los hooks del admin
https://github.com/Tmeister/wp-api-j....php#L151-L153
Y los hooks
https://github.com/Tmeister/wp-api-j...n.php#L59-L106
Dale un ojo al proyecto, te caerá de perlas.
Saludos!!