SessionFactory es una factoría de objetos Session. Los objetos Session son los que te permiten persistir y recuperar. Me parece raro que no lo notes si lo estás usando para empezar una transacción (session.getTransaction().begin()).
Código Java:
Ver originalSessionFactory factory = new Configuration().configure().buildSessionFactory();
Session session = factory.openSession();
// persiste
session.persist(unobjeto);
// actualiza
session.merge(unobjetomodificado);
// remueve
session.delete(unobjeto);