Si si puedes, podrias hacer un full bkp de tu base de datos, migrar este full bkp al nuevo server, restaurar la base de datos usando el full, ya cuando vayas a apagar el viejo servidor, antes tomas un diferencial y lo mueves a tu nuevo servidor y haces un restore de la informacion usando el ultimo diferencial :)
http://dev.mysql.com/doc/mysql-enter...cremental.html