Qué pasa si un día te piden que en lugar de 3 libros el usuario pueda tener 10?
Con tu lógica actual, si el usuario devuelve "libro1", tendrás que recorrer los códigos de "libro2" y "libro3" para ocupar las posiciones anteriores y no conservas registro de cuándo fueron prestados y devueltos los libros.
La mejor opción es tener otra tabla donde tengas un registro de libros que has prestado al usuario:
Código:
id_usuario
codigo_libro
fecha_prestado
fecha_devuelto -> Este valor será nulo hasta que se devuelva el libro
Consultas esta tabla, contando los libros del usuario donde fecha_devuelto sea nulo, si ya le prestaste 3 muestras el mensaje; si no, entonces solo agregas el nuevo registro.
La consulta sería algo como: