Bueno, yo soy del criterio que entre más seguridad, es mejor.
Las soluciones de FTP, está bien pero cualquier persona mal intencionada que tenga un usuario y contraseña de FTP, podría violar la seguridad por fuera de la empresa.
Mientras que con una
VPN, donde dos equipos sean los protagonistas de establecer una conexión segura y privada sin que el usuario final tenga que intervenir, pues si siento realmente que tendrías mucho más seguridad.
Ya se te expusieron los panoramas y ahora queda que investigues a conciencia que es más eficiente y seguro.
OJO, que cualquier solución a la que llegues, tu gran problema va a ser el cuello de botella por la conexión de internet que tengas en ambos puntos.