Optimizar consulta miles de registros

[Libras]

primero usa join explicitos no join implicitosesto es usa inner, left, right join en tu sentencia:

Código MySQL:

SELECT p.id_producto,p.nombre_producto,p.pcosto_producto,p.precio_producto,p.id_marca,p.id_proveedor,p.cantidad_producto,p.observaciones_producto,p.fecha_alta_producto,p.fecha_edit_producto,p.estado_producto, p.codigo_control, m.id_marca,m.nombre_marca,prov.id_proveedor,prov.nombre_proveedor
      FROM productos p
inner join marcas m on (p.id_marca=m.id_marca)
inner join proveedores prov on (p.id_proveedor=prov.id_proveedor)
WHERE  p.estado_producto = 1 ORDER BY p.nombre_producto ASC
 

segundo revisa los indices de tus tablas, el plan de ejecucion que tienes