Hola, la verdad es que no me he mirado nada el script, pero supongo que la posicion de la capa tendrás que modificarla aquí:
<div id="branding" style="position:absolute; visibility:show;
left:235px; top:-50px; z-index:2">
y la parte de la tabla que contiene la imagen es:
<table width=10 bgcolor=#ffffff><td>
<a href="http://www.yoursite.com" onmouseover="window.status='Thanks for visiting!';return true" onmouseout="window.status='';return true"><center><img src="your-logo.gif/jpg" width="235" height="19" border="0"></center></a></font></td>
</table>
Siento no poder entretenerme más con el tema, pero es que voy....
Saludos.
