Lo mas sencillo para resolver el problema es que agregues la propiedad mapped y ponerla a false:
Código PHP:
Ver original$builder->add('referencePN',"entity",
array('label'=>'PN:','class' => 'AlmacenBundle:Reference', 'property' => 'ean',
'required'=>false,
'query_builder' => function(EntityRepository $er) {
return $er->createQueryBuilder('u')
->andwhere('u.ean <> :ean')
->orderBy('u.ean', 'ASC')
->setParameter('ean', '');
},
'mapped' => false,
));
de esa forma los campos que agregas de forma adicional no serán tomados en cuenta al momento de llenar la entidad.