Buenas,
La documentacion de Hibernate es superdetallada al respecto:
http://docs.jboss.org/hibernate/orm/...html/ch01.html https://code.google.com/p/hibernate-...e.cfg.xml?r=11
Solo tienes que ir a la configuracion de hibernate y cambiar los datos de conexion (session-factory) por los de SQLite.
En teoria con eso deberia bastar. Es uno de los motivos por lo que resulta conveniente utilizar un motor de persistencia como Hibernate en lugar de consultas SQL nativas.
Un saludo