Cita: Basicamente lo que he hecho es una copia del directorio que me crea netbeans y lo he copiado en el servidor
Precisamente. Cuando ejecutas el proyecto web en Netbeans, este mueve en tiempo de ejecucion los ficheros mediante tareas Ant a la estructura adecuada requerida por la especificacion Java EE:
Cual es la estructura de directorios de tu proyecto bajo la carpeta webapps de tu Tomcat?
Un saludo