Tienes que 'jugar' con todos los elementos por cada acción.
Código:
$(document).ready(function(){
$('#indexed1').click(function(){
$('#indexed').toggle();
$('#metals').hide();
$('#energy').hide();
});
$('#metals1').click(function(){
$('#indexed').hide();
$('#metals').toggle();
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});
$('#energy1').click(function(){
$('#indexed').hide();
$('#metals').hide();
$('#energy').toggle();
});
});