No hay necesidad de guardar la respuesta seleccionada por el estudiante porque la comparación de la respuesta correcta con la seleccionada la haces al hacer submit en el formulario. Lo que sí se podría guardar sería la calificación final, para lo cual tendrías que crear una nueva tabla Estudiantes en donde esté el nombre del estudiante, el código interno del alumno, el id de la temática del examen que presentó, el número de evaluación de esa temática y la calificación para así mostrar un reporte de notas y si quieres en esa misma tabla podrías guardar las respuestas que seleccionó puede ser en un solo campo y con un implode separar las respuestas por comas aunque eso solo sería necesario si mucho después de presentada la evaluación el estudiante tuviera la posibilidad de ver la corrección del examen p ej días después, ya que la revisión del examen inmediatamente terminado no necesita guardar las respuestas seleccionadas en la BD porque se cargan a través de POST.
Mira este ejemplo:
http://srvprb.260mb.net/prueba.php?tematicasId=1