Problema con Select y mysql_fetch_array

[gnzsoloyo]

Tengo un problema al realizar un select, ya que me devulve datos que no debería devolver y que además ni siquiera existen dentro de la b.d.

Eso no existe. SI los datos no están en la base, no puede devolverlos... La base de datos y el SQL no inventan datos de la nada.
Lo que puede ser es que no den loa datos esperados porque la consulta esté mal redactada.

Por lo pronto, estás haciendo un producto cartesiano, porque no estás relacionando las tablas.

Código SQL:

SELECT * 
FROM semestres, secciones, materias 
WHERE semestres.cedula_identidad= secciones.cedula_identidad
    AND secciones.cedula_identidad = materias.cedula_identidad
    AND materias.cedula_identidad='$cedula_identidad';
 

O mejor aún:

Código SQL:

SELECT * 
FROM semestres SE 
    INNER JOIN secciones SC ON SE.cedula_identidad = SC.cedula_identidad
    INNER JOIN materias M ON SC.cedula_identidad = M.cedula_identidad
WHERE M.cedula_identidad='$cedula_identidad';
 

TE recomiendo volver a leer un manual basico de SQL, porque esto es un error habitual en los primeros pasos del SQL y los JOIN (implícitos o explícitos)