Eliminar con INNER JOIN

[xfxstudios]

No estoy muy claro en lo que necesitas, pero yo tengo tablas relacionadas y no he tenido que itilizar el inner join para borrar, lo uso para mostrar cieryos datos relacionados, si en tu tabla de materias ya tienes el id del semestre y la cedula no realices un inner join solo utiliza el delete sobre el registro que quieres borrar
Ejemplo ( DELETE * FROM materias WHERE id_semestre = xxx AND cedula = xxxx)