Ya lo resolvi :)
Usando la función anterior, busque la posición del segundo guión contando de atrás hacia adelante;
y a partir de ahí separe la cadena en dos.
La primera cadena, que tiene los guiones que deseo limpiar simplemente lo remplazo por una coma;
luego de eso vuelvo a unir las cadenas..
Código PHP:
$pos=strrpos_count($direccion,"-",2);
if ($pos) {
//SEPARAMOS LA DIRECCION EN 2 PARTES a PARTIR DEL 2 Guión contado desde atrás
$str1 = substr($direccion, 0, $pos);
$str2 = substr($direccion, $pos);
//La primera parte de la cadena, reemplazamos todos los guiones por una coma.
$str1 = str_replace('-', ',', $str1);
//$str1= String2Replace($str1);
$direccion=$str1.$str2;
}