Bueno sea como sea el programa si es hecho por ti o ya hecho no importa.
El sistema basicamente es que los afiliados hagan un enlce desde sus paginas con una variable del tipo:
www.loquesea.com/index.php?Afiliado=elquesea
Y luego has de ir propagando esa variable por toda la web hasta que al vender el producto ademas de los otros datos debes guardar esa variable en la bd o como lo hagas.
Ya te digo que lo mejor es que preguntes esto en el foro de tu lenguaje específico.
Un saludo