Bueno despues de leerme el manual, y seguir los consejos de ustedes, lo logre finalmente!.
Código PHP:
<?php
include("conex.php");
mysql_query("UPDATE tabla1 set ammount='$_POST[ammount]'");
$ammount=$_POST['ammount'];
$caracteres = Array(",");
$resultado = str_replace($caracteres,"",$ammount);
mysql_query("UPDATE tabla1 set saldofin = saldofin- ($resultado)");
echo header("location:../recibo.php");
?>
Asi logre quitarle la coma, al numero introducido a través del "input" y lo pude restar. Muchisimas gracias!