Buenas,
Respecto al segundo ejemplo, los pipes son perfectamente válidos en windows. Lo que no existe es el comando cat, cuyo equivalente es el comando type. Debería ser, por tanto, algo como:
Cita: type file.txt | java -jar $PATH/target/ixa-pipe-tok-$version.jar tok -l $lang
P.D: entiendo que se está sustituyendo siempre $PATH, $version y $lang por sus valores correspondientes.
Un saludo