Cita: java -jar target/ixa-pipe-tok-$version.jar tok -help
Esto no es un comando de linux, simplemente estás cargando un jar en la JVM, y funciona igual en linux que en windows, es lo que tiene ser multiplataforma.
Cita: cat file.txt | java -jar $PATH/target/ixa-pipe-tok-$version.jar tok -l $lang
La primera parte sí es de linux, lo único que está haciendo es mandar lo que se pinta en la pantalla a un fichero.
El equivalente en windows sería
Cita: java -jar $PATH/target/ixa-pipe-tok-$version.jar tok -l $lang > file.txt
https://www.elhacker.net/ProgramacionBat.html