Me autorespondo porque he encontrado la solución (por si a alguien le puede servir en el futuro).
En el caso de añadir rutas absolutas en el src, parece ser que hay que especificar el directorio 'base'.
El código quedaría así:
Código HTML:
gulp.task('default', ['home','home-logged','watch']);
gulp.task('home', function() {
gulp.src(['W:/entorno-test/js/scripts1.js','W:/entorno-test/js/scripts2.js','W:/entorno-test/js/scripts3.js','W:/entorno-test/js/scripts4.js'],
{base: 'W:/entorno-test/'})
.pipe(plumber())
.pipe(concat('home.js'))
.pipe(uglify())
.pipe(gulp.dest('W:/entorno-test/js/sesion/home'));
});
gulp.task('home-logged', function() {
gulp.src(['W:/entorno-test/js/scripts1.js','W:/entorno-test/js/scripts6.js','W:/entorno-test/js/scripts3.js','W:/entorno-test/js/scripts4.js','W:/entorno-test/js/scripts5.js'],
{base: 'W:/entorno-test/'})
.pipe(plumber())
.pipe(concat('home.js'))
.pipe(uglify())
.pipe(gulp.dest('W:/entorno-test/js/sesion/home/logged'));
});
gulp.task('watch', function() {
gulp.watch(['W:/entorno-test/js/scripts1.js','W:/entorno-test/js/scripts2.js','W:/entorno-test/js/scripts3.js','W:/entorno-test/js/scripts4.js'], ['home']);
gulp.watch(['W:/entorno-test/js/scripts1.js','W:/entorno-test/js/scripts6.js','W:/entorno-test/js/scripts3.js','W:/entorno-test/js/scripts4.js','W:/entorno-test/js/scripts5.js'], ['home-logged']);
});