Crear txt con php

[NSD]

Bien, el híbrido seria algo así (Ojo, tendrias que pulir algunos detalles y hacer previamente lo que te indique en el mensaje anterior):

1) Tanto en A3 como en A4 debes agregar una variable que almacene los resultados:

Código PHP:

//...
            $a3_all = array();
            for($j=0;$j<$afe3;$j++){
                $a3=mysql_fetch_row($prueba3);
                $a3_all[] = $a3;
                //...
 

En A4 es lo mismo, pero que se llame $a4_all o como tu quieras.

2)

Código PHP:

<?php
    // Funcion para crear las paginas en txt.
    function txt_page($template, $data) 
    {
        $page = "";
        foreach($template["fields"] as $key => $dims) 
        {
            // Default value.
            $value = (isset($data[$key]) ? $data[$key] : "");
            // Length of field.
            $length = $dims[1]-$dims[0];
            
            $page = str_pad($page, $dims[0] - 1, " ", STR_PAD_LEFT).
                    str_pad(substr($value, 0, $length), $length + 1, " ", STR_PAD_BOTH);        
        }
        
        return str_pad($page, $template["length"], " ", STR_PAD_RIGHT);        
    }
    
   // Capturar las salidas.
   ob_start();
   // Procesar.
   include 'archivo.php';
   // Descartar las salidas.
   ob_end_clean();
        
    // Este template lo armas luego de imprimir una hoja de prueba y de contar los caracteres correspondientes a cada campo:
    $template = [
        "length" => 10000,
        "fields" => [
            "numero" => [50, 200], 
            "fecha" => [250, 300], 
            "chapa1" => [350, 400], 
            "chapa2" => [450, 500], 
            "transporte" => [550, 600],
            "domicilio_transporte" => [650, 700],
            "cuit_transporte" => [750, 800],
            // Etc... Agregas todos los campos y las posiciones de $a
            // Ahora agregas cada renglon de $a3, que los tienes guardados en $a3_all
            "razon_social_cliente_0" => [850, 900],
            "razon_social_cliente_1" => [950, 1000],
            // Etc.. con todos los campos de cada renglon
            // Ahora agregas cada renglon de $a4, que los tienes guardados en $a4_all
            "nro_remito_0" => [1050, 1100],
            "nro_remito_1" => [1050, 1100],
            // Etc.. con todos los campos de cada renglon
        ]
    ];
 
    // Ahora armas el mapa de datos, es decir, que variable va a cada lugar:
    $data = [ 
            "numero" => $a[0], 
            "fecha" => strftime("%d/%b/%Y",strtotime($a[1])), 
            "chapa1" => $a[3], 
            "chapa2" => $a[4], 
            "transporte" => $a2[0],
            "domicilio_transporte" => $a2[2]." - ".$a2[3],
            "cuit_transporte" => $a2[1], 
            // Etc con todos los campos de $a
    ];
    
    // Ahora cargar todos los campos $a3
    foreach($a3_all as $nro => $valores)
    {
        $data["razon_social_cliente_$nro"] = $valores[0];
        // Etc..
    }
    
    // Ahora cargar todos los campos $a4
    foreach($a4_all as $nro => $valores)
    {
        $data["nro_remito_$nro"] = $valores[0];
        // Etc..
    }
    
    echo txt_page($template, $data);
 

Con lo cual, tu sistema actual no es alterado, y puedes usar el template txt si lo deseas.
La parte mas engorrosa es la definir el template, ya que debes imprimir una hoja y luego contar las letras, pero tiene la ventaja de que una vez tengas una hoja impresa ya no necesitas estar frente a la impresora para garantizar que un cambio funciona correctamente, el mantenimiento de esa parte te sera sumamente sencilla en el futuro.